Philippe Dupuy nait en 1960 à Sainte-Adresse. Il fait ses études à l'École nationale supérieure des arts décoratifs. Un de ses travaux d'étudiant, l'illustration en gros plan d'un rhinocéros ayant une marque de rouge à lèvres réalisée pour le Zoo de Paris, le fera remarquer. Il publie ses premières bandes dessinées dans des fanzines, dès 1980.
En 1983, il rencontre Charles Berberian et entame avec lui une collaboration toujours vivante. Ils comptent plus de 25 albums à leur actif et de nombreux travaux d'illustration, signés Dupuy-Berberian.
Il a aussi écrit et dessiné seul, notamment lors de la « parenthèse solo » du duo en 2005 au cours de laquelle il publie Hanté (éd. Cornélius). Cet album très personnel sera nommé pour le Prix du meilleur album du Festival d'Angoulême 2006. En 2012, il réalise les dessins de Memories of the Missing Room spectacle musical du groupe Moriarty mis en scène par Marc Lainé.
Avec Charles Berberian, Philippe Dupuy est récompensé en 2008 par le Grand Prix de la Ville d'Angoulême à l'occasion de la 35e édition de Festival international de la bande dessinée.